师从赵俪生，早期从事农民史研究。虽然先后任教于清华大学和香港中文大学，但他的很多朋友都是北大的。比如和钱理群，钱理群的老师王瑶和赵俪生是同学，钱老师也帮秦晖推过书《共同的底线》。早年研究明末农民战争，所以和顾诚走得很近，遗憾没做孤诚的研究生。（《鼎革之际》）北大的阎步克曾说，好多学者是造零件的，而秦晖是有自己的一套系统的。辛德勇老师也比较推崇他，说自己只能做些细微的研究。
整体的思想理论以周制与秦制之争（小共同体与大共同体之争）也是儒法之争为基础。
将明治维新看成由周制转向秦制的过程。并且作出结论：“西方的前近代社会是小共同体压制为主的社会，所以市民先与王权结合；中国社会的主要是大共同体压制为主的，所以个人应该先和小共同体联合对付大共同体。“（简单但不准确的理解小共同体指的是家庭，大共同体指的是国家尤指专制整体）
在儒法之争里，是主张西儒结合对抗法道互渗的。即自由民主和传统道德相结合对抗上层的专制和乡愿的犬儒哲学（狗智主义）。
政治理论方面；提倡限制政府权力与扩大自身福利同时进行，在负福利的状态下，两方面的需求是不冲突的，提出“尺蠖效应”，指政府扩权而不增加福利，减少公民福利而不减少自身权力的现象。
农民学的著作是《田园诗与狂想曲》，指出以下现象：土地兼并现象在“关中模式”的范式下，不是严重的现象，农民的主要压力来自超经济强制。例子有有权有势的人不需要土地来压迫，无权无势的人把土地视为负担。充分运用马克思主义的思想：前近代社会的特征是物的独立性和人的依附性。一定程度上超出了马克思主义的经济决定论基础，认为封建社会的主流是有权的人压迫无权的人，起义也是反官府鲜有反地主。
在清华的讲课里，痛批“土地自由买卖，两级分化，导致土地兼并。封建社会存在极严重的土地兼并，整个封建社会和一个王朝内，土地集中程度都晚期高于早期。”列举了大量的数据和事例，（保加利亚土改，法国小农制，土改材料）说明土地的集中程度与自由买卖无关，而只与初始分配条件和权力关系有关。
文化论方面：倾向于否定文化决定论，否定文化决定路径选择，认为公民在非强制条件下的选择才有文化研究的意义。（他认为美国和瑞典是文化差距最大的，因为他们在自由的状态下分别选择了最多自由的和最多福利的道路）
秦汉史方面：否定“皇权不下县”的论断，否定“治水导致集权”的理论，提出秦汉朝廷对地方的控制力极强，集权并非为了治水，治水任务不重的时候依然加强集权。宗族、族谱、族产的在东南沿海的普遍是晚近的事，在西北和华北杂居现象明显。
近代史方面：对五四进行反思，批判“五四是救亡压倒了启蒙”。即在民族危机的压力下，五四的主要矛头从反对专制政体转向反对家长干预生活，是因为民众需要强有力的国家来应对民族危机进而削弱了对国家民主体制的要求。
建国后十七年方面：区别与苏联的计划经济，中国的经济建设中政治挂帅因素明显，非科学因素明显，相当于“命令经济”。从发展速度来看，城镇化十分缓慢。在科学文化领域，相较于苏联的“专家治国”，中国的群众运动式的参与使得反智色彩相对较浓。
文革方面：提出文革的主体是当权派整顿造反派，但由于曾经的“保皇派”如今掌权使得如今文革的主流叙事变成了造反派迫害当权派，其实大量造反派在文革后期就坐牢了。以自身的经历出发，指出曾有军队参与对其所在的造反派的镇压。
转轨经济学方面：反对国企的管理层私有化（掌勺者私占大锅饭），反对国有资产的贱卖，提出以公正的方式处理国有资产，包括发股权。
历史观方面：自已对自己负责的历史观，历史是不确定的也是无法预测的，只有自己努力改变，历史才会向好的方面发展。
自由主义：自由是主义之母，在反专制（强制）的基础上，其他主义才有意义。强调群己权界理论，己域要自由，公域要民主。实践大于理论，“圣徒比神学家重要”。
国外方面：
苏联俄国：认为斯托雷平改革是权势者把村社的土地变为自己私有的土地，导致民粹情绪，即从反对不公到反对私有化，重新提出列宁的“普鲁士道路“与”美利坚道路之争“之争，指出要走农民联合起来反对天然首长的路径。
列宁从初期的马克思主义思想即要言论自由、到带有民粹思想，即精英驾驭群氓模型。
日本：明治维新是由周制走向秦制，即从小家庭中解放出来获得某种自由，实际上成为国家强制的手段，使得这种强制减少了阻碍。
德国：“昂纳克预言”，假设东德不开柏林墙，也不允许有强势工会，当然更不引进西方的保障制度，东德将会以最佳的要素成本，大量地吸引西部的资本，同时向西部输出廉价商品，最后结果是东德演变西德，即低人权的优势。
南斯拉夫与印度：民主制度使印度各邦之间逐渐形成一定的凝聚力，列宁民族主义理论上各组成部分有退出的自由，实际上在政治上不允许，导致苏联解体后，在政治力量不复存在，部分民族名正言顺地退出有了合法性。（南斯拉夫、俄罗斯、捷克斯洛伐克三大联邦）
南非：官方如果不能为工人提供住宿条件，至少应该允许贫民窟的存在。受过迫害的政治领袖，在变革后拥有道德力量，可以缓解民众的偏激行为（曼德拉）。改革后的南非各类社会问题很多，但黑人群体的权利是增加的，改革前的南非利益并未惠及底层黑人。
东欧方面：因为和金雁老师是夫妻，所以对俄文资料和东欧的文献了解的比较多，对于现在讨论比较多的国有资产流失问题，他在2003年就有文章，反对管理层收购，提倡公开透明的私有化。
疫情方面：西方文恬武嬉，很多1920的举措2020却做不了，疫情与战争不同，可限制移动但不可限制言论。
阎步克老师对秦晖先生的推崇，在《王气黯然》的读书会中可见，“秦晖是国家保护动物”，“当代有名的思想家”。从学理上看，《中国古代官阶制度引论》中对先秦与秦汉从爵本位到职本位的巨变，（这种变化幅度之大在阎步克老师那可称为波峰和波谷，从魏晋到明清，是在周制的纯粹觉本位和秦制的纯粹职本位中找到某种平衡）与秦晖“周秦之变”中大小共同体的说法十分契合。比起秦老师早年研究明末农民战争的考据文章，《田园诗与狂想曲》、《传统十论》这样对封建社会的整体性评价，阎老师更为欣赏。
看北大的古代史课程，阎步克老师对郭沫若的战国封建论理论是不认可的，他说：“你能从史料中找到一例从战国到汉初土地买卖的例子吗？”，但他更是从实际出发，细微出发，受田余庆老师的影响很大，田老师曾说，搞历史学是勤勤恳恳找东西，相对偏考据。
而秦老师之师赵俪生先生则是研究亚细亚生产关系，搞农民战争和土地制度史，和马克思理论关联性大，偏重理论化论述。
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