长波电台问题：
苏联提出要建长波电台，主要是苏联的潜艇技术有了长足的进步，可以进行远洋航行，当时还没有卫星通讯，所以需要大功率长波电台来维持通讯。
当时苏联军方提出了两个方案：
第一，在本土建，但是由于距离过于遥远，只能覆盖北太平洋；
第二，在友好国家建，即在海南岛和印度各建一个，保障苏联在南太平洋和印度洋的通讯；
方案提交给赫鲁晓夫后，在印度建电台的方案被否决了，因为双方关系还没有那么好，所以赫鲁晓夫提出在中国建设长波电台，赫鲁晓夫觉得这没什么问题，因为苏联刚刚援助了中国核武器和导弹潜艇技术，大家有来有往，建一个军事基地不算什么大事。
但是中方拒绝了这一提议，理由是“中国多少年以来都被人看作是一个没有主权的国家，这有损于我们的声望，有损于我们的主权。”
赫鲁晓夫对此表示理解和歉意，告诉中方提议建造长波电台是他的个人决定，未经过苏共中央的讨论，苏联“一丝一毫都不想破坏你们的主权或者干涉你们的内政，不想打入中国经济，总之不想做任何危害中华人民共和国自主权的事。”
随后，中方提出可以由苏联提供贷款和技术，由中方拥有完整的所有权，负责电台的建设和维护，苏联可在战时进驻并使用电台，赫鲁晓夫表示同意，这事就过去了。
联合舰队问题：
此事的起因是海军司令肖劲光私下询问苏联军方，能不能援助中国核潜艇技术，苏方表示核潜艇技术苏联现在还没有，等将来有了之后可以援助给中国。
6月，中方正式致函苏联政府，请求苏联援助核潜艇技术，随后，苏共中央指示驻华大使尤金回复中方，核潜艇技术可以援助给中国。根据苏方的说法，苏联从未提出过要建立“联合舰队”的说法，只是提议共同建造军舰，理由是中国的工业刚刚起步，就算有苏联的援助，也掌握不了建造核潜艇如此复杂的技术。
随后就是中方大发雷霆，花了五个多小时大谈两党关系，从国共内战一直聊到了苏联不报道“百花齐放，百家争鸣”，尤金感到事态严重，于是立刻向赫鲁晓夫汇报，并建议赫鲁晓夫亲自到北京向中方解释，于是就有了58年赫鲁晓夫访华。
会晤中赫鲁晓夫继续向中方解释，苏联不想建立“联合舰队”，只是希望双方“合作建设海军”，会晤期间，赫鲁晓夫又询问了一下苏联的潜艇能否进入中国的港口进行补给，中方回复不行，这样有损我们的主权，赫鲁晓夫抱怨了一阵，但也没有继续坚持。
这两件事对中苏关系影响不大，随后苏联又援助了中国核潜艇和中程弹道导弹技术，至少在苏方看来，这是无足轻重的分歧，是尤金传达的不好，忘了将苏共中央准备的备忘录交给中方，导致中苏双方发生了误会。1959年初，尤金被解除驻华大使的职务，随后退出了政治舞台。
关于中方为什么会在这件事上“大发雷霆”，各方一直有不同的说法，赫鲁晓夫认为是中方曾长期遭受外国侵略者统治的国家，所以神经比其他国家敏感。另一种说法则是中方“大发雷霆”是假装的，目的是将赫鲁晓夫骗到中国，为金门炮战背书。
大家可能知道，赫鲁晓夫的外交政策叫“三和政策”，即“和平共处、和平竞争、和平演变”，所以赫鲁晓夫一直积极的与美国接触，进行裁军和控制核武器的谈判。在金门炮战之前，赫鲁晓夫正在筹划访问美国，与艾森豪威尔举行裁军谈判，中方在这时炮击金门肯定是得不到苏联支持的。
当时各国共产党之间为了显示团结，在联合公报中都会表示“双方就解决****问题取得了完全一致的意见”，这就等于苏联为炮击金门进行了背书。实际上，双方的会晤压根没谈任何台海问题，赫鲁晓夫也不知道炮击金门的决定。
双方在金门炮战中另一个不愉快则是中方缴获了一发未爆炸的“响尾蛇”的导弹，苏联想对这枚导弹进行研究，而中方希望自行进行研究，然后将情报分享给苏联，双方为此发生了争吵。
不过总而言之，无论是长波电台、联合舰队还是金门炮战事件，对中苏关系的影响都不大，最后都得到了妥善的解决。中苏双方间真正不可调和的矛盾是“去斯大林化”和“大跃进”问题，这对于双方来说都是无法让步的。
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